Если вы точно знаете какой высоты будет напольное покрытие, то я особой разницы не вижу. В противном случае, если сначала поставите дверь, а потом настелите пол, может оказаться что дверь придется подрезать или, что хуже, зазор между полом и дверью окажется больше чем хотелось бы.
Я ставил сначала двери, а потом настилал пол. В одном месте не угадал и щель получилась великовата. Зато, после того как постелил ковер (который изначально не планировался), щель почти ушла. Так что все относительно:)